Как и в любом другом виде кинематографа, разнообразие сюжетов аниме ограничено только фантазией сценариста. Наряду с аниме, рассказывающими о параллельных реальностях и космосе, существуют аниме, описывающие исторические события, или даже воссоздающие повседневную жизнь главных героев в самом обычном Токио. Тем не менее, различные жанры накладывают различные отпечатки на сюжеты аниме, и зачастую определяют общую манеру построения или ключевые вехи сюжетной линии сериала.

Так, например, произведения, называемые «сёнэн-адвенчер» (shounen-adventure — приключения для парней) зачастую имеют предсказуемый канонический вид: большую часть сериала главный герой собирает команду сторонников и учится новым приёмам ведения боя, преодолевая при этом мелкие возникающие проблемы, чтобы в конце концов победить превосходящего по силам противника. После этого сериал либо заканчивается, либо возвращается к началу: обозначается более сильный, более опасный враг. Один такой цикл иногда называют аркой (от англ. arc). Примером классической shounen-adventure может служить «Rurouni Kenshin» — эпос о Химуре Кэнсине, самурае времён реставрации Мэйдзи, умеющем, но не желающем больше убивать.

Распространено также нестандартное скрещивание привычных шаблонов. Например, комедия/боевик «Стальная тревога» повествует о молодом, но бравом вояке Сагаре Сосуке, которого определили на учёбу в школу — охранять потенциальную жертву. Гармоничное переплетение школьных комедийных сценок и серьёзного военизированного сюжета компенсирует недостатки обеих линий по отдельности.

Несмотря на обилие сериалов, сделанных по канонам жанра, не убывает и количество оригинальных, не поддающихся точной классификации произведений. Примером сериала с нестандартной сюжетной линией может служить «GANTZ» — боевик, главные герои которого — Кэй Куроно и Масару Като — погибли под колёсами поезда метро, но были воскрешены неподвижным чёрным шаром, занимающим половину комнаты в токийской гостинице — для того, чтобы участвовать в жестокой игре на выживание, выйти из которой можно, лишь заработав 100 очков.

Вселенные, в которых происходит действие сериалов, могут принимать любые формы, от классических фэнтези-миров до популяризованных американскими авторами киберпанка («Ghost in the Shell», «Serial Experiments Lain») или развитого Аниме паропанка («Fullmetal Alchemist», «Стимбой»). Истории фантастических миров могут серьёзно отличаться от привычной нам: так, в аниме «Fullmetal Alchemist» вместо физики развито искусство алхимии, в Аниме «Trigun» действие происходит в далёком будущем, на пустынной планете, среди останков потерянных технологий. Сериал «Волчий дождь» рисует постапокалиптический мир, в котором люди однажды проиграли сами себе, и оставили огромные поля сражений, усеяные скелетами боевых механизмов.

Большая часть аниме-сериалов обладает ярко выраженным эмоциональным и идейным подтекстом. Режиссёр образами создаёт подходящий эмоциональный фон для передачи своих мыслей. Популярными идеями являются: идея стойкости, нежелания сдаваться сколь угодно могущественным людям или обстоятельствам, идеи самоопределения и выбора жизненного пути, мораль человека. Различный возраст целевой аудитории зачастую влияет на идейный подтекст произведения: shounen-adventure, обычно адресуемые юношам старше двенадцати лет, чаще содержат «простой» эмоциональный ряд (не сдаваться, защищать друзей, и т. д.) с меньшей проработкой деталей, чем философские или психологические произведения для взрослых. «Простота», однако, не означает, что идеи таких сериалов «детские» или даже «наивные», «максималистские» — или что такие сериалы не рассчитаны на старшее поколение. В более серьёзных сериалах рассматриваются вопросы смысла жизни, морали, проблемы эскапизма, одиночества и разделённости людей, религии.

Часто сюжет и стилистика Аниме заимствуются из экранизируемого произведения, обычно — манги или «лёгкой новеллы». Иногда при этом сюжет аниме может достаточно сильно отличаться от сюжета экранизируемой манги: так, в аниме могут быть добавлены герои, отсутствующие в манге, изменена концовка и тому подобное.